Dalam FatesCrossed, kehidupan sang protagonis tragis setelah peristiwa misterius bertahun-tahun lalu menyebabkan dia kehilangan ibunya. Menjadi tunawisma dan terkatung-katung, nasibnya berubah ketika seorang gadis misterius bernama Lilly datang ke dalam hidupnya. Lilly, yang telah kehilangan tubuhnya dan hanya bisa dilihat oleh sang protagonis, menawarkannya perlindungan bersama sahabatnya sebagai imbalan atas bantuannya. Terlepas dari ikatan mereka, pencarian ibunya yang hilang hanya membawa sakit hati dan jalan buntu. Namun ketika harapan tampaknya hilang, sebuah surat penting tiba, mengatur peristiwa-peristiwa yang akan mengubah segalanya. Kini, ia harus menyeimbangkan kehidupan sekolah sambil mengungkap misteri masa lalunya.